Думаю, что исторически справедливым и более правильным по привязке к месту было бы обозначать не "Дубна", а "Большая Волга" (пусть теперь она и входит в состав Дубны)...
Хотя это опять - дело восприятия и спор на тему, что правильнее: Рыбинск, Волжский или всё таки Переборы, Волгоград или Волжский, Цимлянск или Волгодонск...