Как изящно владелец скрыл принадлежность судна - две буквы долой и даже самый продвинутый шпиён сломает голову :)

А смог бы продвинутый шпиён смог бы определить принадлежность судна, если бы на нём были эти две буквы? Не поделитесь секретом - как?

Да не секрет ни разу.
Две буквы, в зависимости от того, где они были бы расположены (перед или после группы цифр) обозначили бы статус владельца: юридическое или частное лицо соответственно.
Содержание этих букв указывало бы на географическую принадлежность судна с точностью до субъекта РФ.
Разумеется, это действительно в том случае, если судно имеет рабочий статус и состоит на учёте.