Хотя порт на реке Данге появился одновременно с основанием города (1252 год), в Клайпеде не было маяка до самого конца XVIII века. Только в 1796 году в северной части залива на песчаной дюне появился первый маяк, возведенный по проекту инженера Йохана Лиленталя (S. J. Lilienthal) и стал третьим в этой части Балтийского моря (после Данцига и Травемюнде).Известна точная дата пуска его в эксплуатацию – 1 сентября. Маяк не был высоким, так как из-за недостатка средств строители возвели башню высотой 16 метров вместо 25 метров, указанных в проекте. Светооптический аппарат состоял из 6 бронзовых отражателей, которые отражали свет масляных ламп. Его свет был виден всего на расстоянии мили (около 4 км) и только при ясной погоде. Большой пользы от такого маяке не было, поэтому вскоре его пришлось надстраивать (1819 год). Тогда же на маяке было установлено самое современное для тех времен световое оборудование. Корабли могли заметить световой сигнал на расстоянии 16 морских миль (более 30 км). На маяке были и другие оптические сигналы. Красный флаг на башне означал, что заход в порт опасен. Желтый флагобозначал разрешение заходить в порт. С 1937 года Клайпедский маяк начинает посылать радиосигналы.
Перед войной маяк считался символом города, его часто посещали туристы. Маяк был выкрашен красными и белыми квадратами, поэтому его называли красным маяком (в настоящее время маяк выкрашен в черно-белую полоску). С обзорной площадки на башне туристы могли любоваться городом и морской панорамой.
В конце Второй мировой войны маяк был взорван отступающими немецкими войсками. Вскоре он был восстановлен, а через несколько лет вновь перестроен и усовершенствован. От старого маяка осталась лишь аутентичная четырехметровая цокольная часть здания. Сегодня Клайпедский маяк, поднятый на 44,5 метровую железобетонную башню, посылает не только мощный световой сигнал. В нем действует современная спутниковая навигационная система. В башню посетители не допускаются. Маяк можно осмотреть только снаружи.

В конце XIX – начале XX вв. в Клайпеде был еще один маяк. До наших дней он не сохранился. В северном конце мола в 1884 году был возведен небольшой маяк, на котором постоянно горел красный свет. Его красили в белый цвет, поэтому маяк называли белым или малым. Изображение этого маяка украшало банкноту в 200 литов,до ведения евро в 2015 году.